马坨店村位于昌黎县城西南15公里处，为马坨店乡政府驻地。东临庄窠，南接围杆庄，西至前马坨，北靠杨坨。昌新公路团新线穿村而过，83省道在村南东西穿行。

马坨店村与杨坨村、后马坨村、前马坨村、围杆庄村、尹坨村、庄窠村、郑林子村、安岐庄村、张庄子村、刘林子村、大夫庄村、后孟营村、前孟营村、解家桥村、白庄子村、张刘庄村、武各庄村、贾庄子村、小林上村、大林上村、邱家营村、康艾庄村、杨柳上各庄村、杨柳庄村、东赵庄村、巢庄村、渠流港村、潘各庄村、施各庄东村、施各庄西村、李家庄村相邻。