相传，该村建于唐代，原名五千村。后因村北有一藏北寺，寺前有一粗大的空柳树，四乡可望，人们以此称该村为柳树空，又感空字不妥，寓意为一无所有，于是改名柳树棵，后称柳树科，沿用至今。

柳树科村与新安村、吴兴村、李家庄村、南王庄村、于家庄村、东权城村、西权城村、秦家庄村、北白佛村、七吉村、西慈亭村、东慈亭村、窑上村相邻。