清代设县后为农治社，光绪三十三年（1907）改为泰区，宣统二年（1910）改为巴吉垒自治镇，1926年改为九区并设巴吉垒镇，沦陷时期为巴吉垒村，1949年为巴吉垒区，1958年建人民公社，1983年改为镇。

巴吉垒镇所在地位于县城西31公里，农安至伏龙泉油渣公路经此。辖太平山、双榆树、莫波、太和、东铁、李家园子、南洼子、上河湾、元宝沟、四合、石头岗子、麻花店、西铁13个村。

镇境地处波罗泡子南沿，水利资源丰富，有苇塘、上河湾2处小型水库，3个较大天然泡塘。波罗泡子盛产鲫鱼，鳌花、鳊花等较佳鱼种也有少量出产，鲫鱼味美有名。波罗泡子水产所设在该乡。全乡有6处较大草原，面积 4.7万亩。年产牧草居全县首位，是养鹅、养羊较多的镇。矿产有矽砂。1985年吉林省文物考古研究所在元宝沟发掘1处新石器时期遗址。