北大庄科村位于阳原县高墙乡西北部山区、海拔1100多米山坡之上，全村总面积8.9平方公里，耕地面积1531亩。

北大庄科村与高墙村、南口村、九沟村、段家庄村、姚家庄村、青圪塔村、南大庄科村、范家坊村、太师梁村、牛家坊村、马家庄村、沙帽台村、金家庄村、益堵泉村、九女池村、西官庄村、东官庄村、大黑沟村、上沙沟村、王家山村、赵家坪村、刘家嘴村、黑岩村、三官庙村、谷端庄村、台家庄村相邻。