大由乡位于石城县西南部，距县城30公里。地理位置在东经116.10o北纬26.05o之间。从东北（水南秋口排）至西南（罗田羊谷）长20公里。从东南（兰田磜下风雨亭）至西北（下埠老官亭）宽11.5公里，全乡总面积123.894平方公里。东北与屏山镇的页背村、亨田村的秋口村小组相连，东南与龙岗乡的下迳村、绿水村相接，西南与瑞金市壬田镇大川村接壤，西北与宁都县固村乡老禾、王坊、团溪3个村为邻。大由地处山区，全乡最高点为西南部的莲花山，主峰海拔698.7米，最低点（亦为全县最低点）为西北部的大由村告尾小组，海拔190米，全乡平均海拔为415米。地势西南高，东北低。琴江河流经大由乡的4个村，至下埠村小组的龙头潭入宁都县境。